Восстановление НДС при претензии транспортной компании

Добрый день!

Ситуация такая: Наша торговая фирма ООО (ОСНО) отправила через транспортную компанию товар клиенту минуя наш склад, сразу от поставщика(ОСНО) клиенту(УСН). Товар оказался поврежденным, по документам клиент принял товар и сделал нам обратную реализацию (без НДС). Мы, ООО, написали претензию транспортной компании (сумма с НДС) о разбитом товаре и составили торг-16 (в которой указана себестоимость трубы с 41 счета без НДС).

Трансп.компания возмещает нам только сумму указанную в торг-16 (без НДС), получается в Торг-16 надо было указывать сумму с НДС и потом восстанавливать его и можно ли сделать ещё какой-то документ который показывает включенный НДС?

Спасибо.
Всем удачного дня.